Nachfolgend möchte ich eine grobe Übersicht aufzeigen, welche Möglichkeiten es gibt Dateien in Linux zu verschlüsseln.
Hierbei muss man beachten, dass es meist noch Optionen und Parameter gibt, welche die Sicherheit bei der Verschlüsselung erhöhen. Am besten schaut man in die entsprechenden man oder help Seiten der Tools.

EncFS (Encrypted Filesystem)

Mit EncFS ist es möglich Ordner zu verschlüsselte und dann wieder per Passwort zu entschlüsseln.
Dateien werden in verschlüsselten Ordnern abgelegt, welche bei der Entschlüsselung in das bestehende Dateisystem eingehangen werden.
Anmerkung: Es existiert eine (theoretische) Schwachstelle in diesem Tool, welche den normalen Anwender allerdings nicht betrifft.

Laut EncFS Security Audit {en} vom 14.01.2014 enthält EncFS in der Version 1.7.4 einige potentielle Schwachstellen.
Das Fazit der Prüfung: EncFS ist wahrscheinlich noch sicher, solange ein potentieller Angreifer nur (genau) eine Version der verschlüsselten Daten erhält, wie z.B. bei Diebstahl oder Verlust eines Datenträgers. 
Kann ein potentieller Angreifer allerdings mehr als eine Version der verschlüsselten Daten einsehen, ist EncFS laut der Sicherheitsprüfung nicht mehr geeignet. 
Die verbreitete Verwendung von EncFS zur Verschlüsselung von Daten in der Cloud ist ein solcher Risikofall.

Stand April 2018: Sieben von zehn im Audit aufgezeigten Schwachstellen sind im EncFS-Bugtracker bis heute offen und für eine irgendwann geplante Version 2.0 zurückgestellt. Die aktuelle Version ist 1.9.5 aus April 2018. 

Quelle: wiki.ubuntuusers.de

INSTALLATION
Die EncFS-Pakete sind mittlerweile in jeder bekannten Linux-Distro enthalten und können somit direkt über die entsprechenden Paketquellen installiert werden.

Anwendung
Um die Ordner (einen versteckten mit den verschlüsselten Dateien und einen Ordner als Mountpunkt) anzulegen verwendet man folgende Syntax:
encfs <Pfad/zum/geheimen/Ordner> <mountpunkt>

HINWEIS: Verzeichnisse werden mit dem selben Befehl eingehängt, mit dem sie auch neu erstellt werden.

Beispiel:

encfs ~/.secret ~/secret
Das Verzeichnis "/home/rasputin/.secret/" existiert nicht. Soll es angelegt werden? (y,N) y
Das Verzeichnis "/home/rasputin/secret/" existiert nicht. Soll es angelegt werden? (y,N) y
Neues verschlüsselter Datenträger wird angelegt.
Bitte wählen Sie eine der folgenden Optionen:
 "x" für den Experten-Modus,
 "p" für den vorkonfigurierten Paranoia-Modus,
 etwas anderes oder eine Leerzeile wählt den Standard-Modus.
?> p

Paranoide Einstellungen gewählt.

Konfiguration abgeschlossen. Das angelegte Dateisystem hat die
folgenden Eigenschaften:
Dateisystem-Verschlüsselung: "ssl/aes", Version 3:0:2
Dateinamenkodierung: "nameio/block", Version 4:0:2
Schlüssellänge: 256 Bits
Blockgröße: 1024 Bytes, enthält 8 Bytes MAC-Kopf
Jede Datei enthält 8 Bytes Vorspann mit einmaligen IV-Daten.
Dateinamenkodierung benutzt IV-Verkettungsmodus.
Dateidaten-IV ist mit Dateinamen-IV verkettet.
Dateilöcher wurden zur verschlüsselten Ausgabe durchgereicht.

-------------------------- WARNUNG
--------------------------
Die externe Initialisierungsvektor-Verkettung wurde ausgewählt.
Mit dieser Option können keine Hard-Links verwendet werden.
Bei manchen Programmen (z.B. 'mutt' und 'procmail') kann dies zu Fehlern führen.
Weitere Informationen befinden sich auf der Encfs-Mailingliste.
Wenn Sie diese Option ändern wollen, drücken sie STRG-C zum Abbrechen und beginnen erneut.

Nun wird ein Passwort für das Dateisystem benötigt.
Da es keinen Mechanismus zur Wiederhestellung gibt, müssen Sie
sich an das Kennwort erinnern! Das Kennwort kann mit encfsctl
nächträglich geändert werden.

Neues EncFS-Passwort:
EncFS-Passwort bestätigen: 

Nachdem dies durchgeführt wurde können wir den eingehangenen Ordner (~/secret) die Dateien ablegen, welche durch Verschlüsselung geschützt werden sollen.

„Standard-Modus“ und „Paranoia-Modus“ bitten lediglich um die Eingabe eines Passworts, wobei der Paranoia-Modus eine etwas stärkere Verschlüsselung und einige zusätzliche Sicherheitsfeatures bietet. Der „Experten-Modus“ erlaubt den weiter fortgeschrittenen Benutzern die Art der Verschlüsselung zu wählen sowie diverse weitere Optionen zu konfigurieren.

Um zu überprüfen ob alles geklappt hat kann man folgenden Befehl verwenden:

$ mount | grep "encfs" 
encfs on /home/rasputin/secret type fuse.encfs (rw,nosuid,nodev,relatime,user_id=1000,group_id=100,default_permissions)

Aushängen des Verzeichnisses

Zum aushängen des Ordners wird FUSE verwendet.
Der entsprechende Befehl lautet:
fusermount -u ~/secret
-u —> steht für unmount

EncFS bietet noch weítere Optionen, z.b. das nach x Minuten Inaktivität der Ordner ausghangen wird (Option: -i bzw. --idle= mit Angabe der Zeit in Minuten) oder auch einen verbose Modus mit welchem Probleme besser analysiert werden können (Bsp: encfs -v -f ~/.secret ~/secret 2> encfs-report.txt).
Es lohnt sich also ein Blick in die man Page (man encfs).

GPG

GPG (OpenPGP) ist eines der bekanntesten Programme um Dateien zu verschlüsseln.

Dateien verschlüsseln

Syntax:
gpg -c <zu verschlüsselnde Datei>

Beispiel:
gpg -c secret.txt

Hierbei entsteht, nach zweimaliger Eingabe eines Passwortes, die Datei secret.txt.gpg

Dateien entschlüsseln

Syntax:
gpg <verschlüsselte Datei>
oder
gpg -d <verschlüsselte Datei>
oder
gpg --decrypt <verschlüsselte Datei>

Hinweis: Auch hier lässt sich die Sicherheit durch die zusätzliche Angabe verschiedener Parameter (.z.B. für den zu verwendenden Verschlüsselungsalgorithmus) erhöhen.
Ein gutes Beipsiel dafür habe ich auf wiki.ubuntuusers.de gefunden:
gpg -c --cipher-algo TWOFISH --digest-algo SHA512 --s2k-digest-algo SHA512 <zu verschlüsselnde Datei>

OpenSSL

Es ist auch möglich mit OpenSSL Dateien zu verschlüsseln.

Dateien verschlüsseln

Syntax:
openssl enc <Algorithmus> -in <zu verschlüsselnde Datei> -out <Dateiname für verschlüsselte Datei>

Welche Verschlüsselungs-Algorithmen verfügbar sind kann man sich per openssl ciphers anzeigen lassen:

$ openssl ciphers
ECDHE-ECDSA-AES256-GCM-SHA384:ECDHE-RSA-AES256-GCM-SHA384:DHE-RSA-AES256-GCM-SHA384:ECDHE-ECDSA-CHACHA20-POLY1305:ECDHE-RSA-CHACHA20-POLY1305:DHE-RSA-CHACHA20-POLY1305:ECDHE-ECDSA-AES128-GCM-SHA256:ECDHE-RSA-AES128-GCM-SHA256:DHE-RSA-AES128-GCM-SHA256:ECDHE-ECDSA-AES256-SHA384:ECDHE-RSA-AES256-SHA384:DHE-RSA-AES256-SHA256:ECDHE-ECDSA-AES128-SHA256:ECDHE-RSA-AES128-SHA256:DHE-RSA-AES128-SHA256:ECDHE-ECDSA-AES256-SHA:ECDHE-RSA-AES256-SHA:DHE-RSA-AES256-SHA:ECDHE-ECDSA-AES128-SHA:ECDHE-RSA-AES128-SHA:DHE-RSA-AES128-SHA:RSA-PSK-AES256-GCM-SHA384:DHE-PSK-AES256-GCM-SHA384:RSA-PSK-CHACHA20-POLY1305:DHE-PSK-CHACHA20-POLY1305:ECDHE-PSK-CHACHA20-POLY1305:AES256-GCM-SHA384:PSK-AES256-GCM-SHA384:PSK-CHACHA20-POLY1305:RSA-PSK-AES128-GCM-SHA256:DHE-PSK-AES128-GCM-SHA256:AES128-GCM-SHA256:PSK-AES128-GCM-SHA256:AES256-SHA256:AES128-SHA256:ECDHE-PSK-AES256-CBC-SHA384:ECDHE-PSK-AES256-CBC-SHA:SRP-RSA-AES-256-CBC-SHA:SRP-AES-256-CBC-SHA:RSA-PSK-AES256-CBC-SHA384:DHE-PSK-AES256-CBC-SHA384:RSA-PSK-AES256-CBC-SHA:DHE-PSK-AES256-CBC-SHA:AES256-SHA:PSK-AES256-CBC-SHA384:PSK-AES256-CBC-SHA:ECDHE-PSK-AES128-CBC-SHA256:ECDHE-PSK-AES128-CBC-SHA:SRP-RSA-AES-128-CBC-SHA:SRP-AES-128-CBC-SHA:RSA-PSK-AES128-CBC-SHA256:DHE-PSK-AES128-CBC-SHA256:RSA-PSK-AES128-CBC-SHA:DHE-PSK-AES128-CBC-SHA:AES128-SHA:PSK-AES128-CBC-SHA256:PSK-AES128-CBC-SHA

Beispiel:
openssl enc -aes-256-cbc -in secret.txt -out secret.txt.enc

Dateien entschlüsseln

Syntax:
openssl enc <Algorithmus> -d -in <zu entschlüsselnde Datei> -out <Dateiname für entschlüsselte Datei>
Im Grunde handelt es sich um den gleichen Befehl wie bei der Verschlüsselung, nur das hierbei noch die Option -d für decryption hinzugefügt wird.

Hinweis: Hierbei ist es auch möglich für die Verschlüsselung eigene Keys zu verwenden. Das entsprechende Schlüsselwort lautet hierbei rsautl.

Eine weitere sinnvolle Option ist z.B. noch -a, welche die verschlüsselten Daten in der Datei noch base64 kodiert.

 $ cat secret.txt.enc
U2FsdGVkX18vM/gClOw34NJQday0+By5Ztpd2HKvbVK3D4ccDk3qrbaGZo065h7b

ccrypt

ccrypt verwendet den Rijndael-Algorithmus zur Verschlüsselung von Dateien und befindet sich in den regulären Distro-Repos.

Dateien verschlüsseln

Syntax:
ccrypt <Dateiname>

Beispiel:

ccrypt secret.txt
Kennwort zur Verschlüsselung: 
Kennwort zur Verschlüsselung: (wiederholen)

Hierbei wird die ursprüngliche datei durch die verschlüsselte Version ersetzt und diese besitzt die Endung .cpt

Dateien entschlüsseln

Syntax:
ccdecrypt <Dateiname>

AES Crypt

Um eine Datei verhältnismäßig einfach per AES zu verschlüsseln (ähnlich ccrypt) bietet sich das Tool AES Crypt an.

Projektseite: AES Crypt

Hierbei handelt es sich um ein recht einfaches Programm, welches (auf Wunsch) auch per GUI bedient werden kann.

Installation

Um die einfache CLI-Version zu installieren geht man auf die Download-Seite und lädt sich das aktuelle .tgz Archiv herunter.
Anschließend entpackt man das Archiv per tar -xzf <archivname>, wechselt hinein und dort in das Unterverzeichnis src.
Dort führt man den Befehl make aus.
Möchte man die kompilierten Binärdateien systemweit verfügbar machen, kann man anschließend den Befehl make install ausführen.

Durch die Kompillierung entstehen zwei Binärdateien: aescrypt und aescrypt_keygen

Dateien verschlüsseln

Syntax:
aescrypt -e -p <Passwort> <Dateiname>
-e steht für encrypt
-p gibt das Passwort an (wird dieser Parameter nicht angegeben, gibt man das Passwort bei der Verschlüsselung im Terminal ein)
Hierbei entsteht eine Datei welche die Endung .aes trägt.

Dateien entschlüsseln

Syntax:
aescrypt -d -p <Passwort> <Dateiname>
-d steht für decrypt
-p gibt auch hier wieder das Passwort an

Weitere Möglichkeiten findet man unter: aescrypt.com

Verschlüsselung von Textdateien mit VIM

Vim bietet ebenfalls die Möglichkeit an Dateien zu, welche man in Vim bearbeitet, zu verschlüsseln.
Hierzu können folgende Algorithmen verwendet werden:

• zip (Standardwert, PkZip kompatibel, schwache Verschlüsselung)
• blowfish (mittelstarke Verschlüsselung, ab Vim >7.3)
• blowfish2 (mittelstarke Verschlüsselung, ab Vim >7.4, hierbei wird mit zusätzlichen Seed gearbeitet womit sich die verschlüsselten Bytes bei jedem speichern ändern)

Algorithmus (cryptmethod) festlegen
Sollte keine cryptmethod gesetzt sein, kann man dies direkt in Vim per :setlocal cm=<Algorithmus> tun.
Beispiel: :setlocal cm=blowfish2

Um diesen Wert persistent zu setzen, trägt man in der ~/.vimrc folgende Zeile ein:
setlocal cm=blowfish2

Um zu prüfen welcher Algorithmus aktuell verwendet wird, verwendet man in Vim den Befehl :setlocal cm?.
Eine entsprechende Ausgabe kann dann wie folgt aussehen: cryptmethod=blowfish2

Dateien verschlüsseln

Möchte man eine bestehende Textdatei noch verschlüsseln, so kann man :X verwenden.
Alternativ kann man auch Vim mit -x starten.
Beispiel: vim -x secret.txt

Anschließend wird man nach einem Passwort gefragt und beim speichern (:w) wird die Datei dann verschlüsselt.

Dateien entschlüsseln

Ruft man eine per Vim verschlüsselte Datei wieder mit Vim auf wird man direkt nach einem Passwort für die Entschlüsselung gefragt.

$ vim secret.txt
Geben Sie bitte den Schlüssel für "secret.txt" ein:
Geben Sie bitte den Schlüssel ein: